U vrijeme sovjetske okupacije saznao je da gestapo i tajna policija Litve traže ga da bi ga zatvorili, tražili su ga na Litvi i na Bijelorusiji i radi svoje sigurnosti pustio je bradu, promijenio ime i sakrio se u neko selo i radio je kao stolar dvije godine. Pisao je mnoga pisma i do šest mladih žena koje su bile željne posvetiti svoj život Božjem Milosrđu. Zvao ih «izabranicama Isusovog Srca, stupovima nove družbe, povjernicama Božjih tajni, željene i namoljene 5 godina u svakoj sv. Misi» Već u svojim prvim pismu sugerirao im je da u budućnosti osim tih tri zavjeta (čistoća, siromaštvo i poslušnost) bi imali još jedan zavjet : milosrđe. U nekom drugom pismu im je napisao da Bog ih želi postaviti među,: grešnike, ateiste, ostavljene, među pogane, među zatvorenike, bolesne, beskućnike, sirote, očajne. Nekada, kad su uspijevale mlade su djevojke dolazile do njega i onda su dugo pričale s njim, davao im je duhovne savjete, i u Vilnu zamolio je nekoliko pouzdanih prijatelja da se brinu za njih. Dok se sakrivao bio je i dušobrižnik sestrama Uršulinkama koje su tamo živjele.
– Na kraju rata preselio se u Bialystok i tamo nadbiskup postavio ga da predaje mnogo predmeta jer poslije rata nije bilo dovoljno profesora. Predavao je pedagogiju, katehetiku, homiletiku i ponekad psihologiju, povijest filozofije, teologiju pastoralnu, jezik ruski i latinski, teologiju unutarnjeg života i teologiju pastoralnu.
– Vodio je akciju protiv alkohola (jer onda u Poljskoj bio je to veliki problem) koja je jako dobro uspijevala, jer u okolini prodavanje alkohola se je smanjilo. Čak predstavitelji onih koji su imali monopol na prodaju alkohola su protestirali.
– U 1955. godini počeo je dušobrižničku djelatnost u kapeli sestara Misionarka Svete Obitelji. Mnogo im je pomogao, čak proširio kapelu koja je bila dosta mala da može doći više ljudi na Svetu Misu, jer im je bilo daleko do Crkve.
– Prve sestre Milosrdnog Isusa u međuvremenu (1947) došle su u Mysliborz gdje je postala naša prva kuća. Kad bl. Sopoćko došao ih je posjetiti, u svojim memoaru piše da kad je ušao u malu Crkvicu i je vidio malo oštećeni vitraž ( koji pokazuje umiranje Isusovo na križu) koji je bio iznad oltara jako se iznenadio i razveselio se jer se podsjetio kako mu je sestra Faustina pričala o maloj Crkvici i tom vitražu (kojeg je ona vidjela u viđenjima) gdje je trebala biti kuća sestara.
– Jako je mnogo pisao o Božjem Milosrđu, sve njegove homilije na tu temu isto je izdao čak je izdao i devetnicu Božjem Milosrđu.
Izgledalo je kao da će se Kult Božjeg Milosrđa razvijati polako ali bez velikih poteškoća, ali tako je samo izgledalo. Jer svako djelo koje potiče od Boga mora da prođe svoje kušnje i bl. Sopoćko imao ih je mnogo pogotovo sa strane mjesnih biskupa svoje nadbiskupije, jer kako se kaže « nitko nije prorok u vlastitom domu». Kongregacija sv. Oficija zabranila je širenje kulta Božjeg Milosrđa u 1959. godine
Pošto Crkvene vlasti nisu htjele čuti o objavljenjima s. Faustine (govorili da ih treba tretirati kao privatna objavljenja) on je pokušavao objasniti o Božjem Milosrđu i o blagdanu koji je trebao biti ustanovljen, biblijskoj, teologijskoj liturgijskoj i pastoralnoj postavi i ta istraživanja sažeta su u četiri knjige koje se zovu «Milosrđe Božje svim u Njegovim djelima».
– Na žalost nije se dočekao priznanja kulta Božjeg Milosrđa (ali je do zadnjeg se borio da bude ustanovljen taj blagdan) jer je umro 15.02.1975.g. u Bialymstoku. Proglašen je blaženim 28.09.2008.g. isto u Bialymstoku (Poljska)
– Godine 1978. na molbu kardinala Karola Wojtile poslana je molba za skidanje notifikacije koja je odobrena jer je u međuvremenu kardinal Wyszynski poslao u Rim pismo o početku postulature za beatifikaciju s. Faustine.